Je to najväčší žijúci hlodavec na svete. Hlava je ťažká, s tupým štvorhranným ňufákom a štetinatým horným pyskom. Oči sú položené vysoko na hlave, aby kapybara dobre videla aj pri plávaní. Telo je zavalité a súdkovité, podobné diviačiemu. Srsť je krátka a štetinatá, riedke šedo-hnedé chlpy majú červenkastý nádych. Končatiny sú krátke a hrubé, veľmi dobre prispôsobené na plávanie. Na predných končatinách sú vždy štyri kopýtkovité prsty, na zadných len tri. Medzi prstami je badateľná krátka plávacia blana.
Oči, nozdry a uši má kapybara navrchu hlavy uložené v jednej rovine, čo umožňuje kapybarám dýchať bez toho, aby vysúvali oči a ušnice nad vodnú hladinu.
Najväčšie dominantné samce majú pri koreni nosa čierno sa lesknúcu pachovú kožnú žľazu zvanú „morillo“, ktorá v období rozmnožovania produkuje belavý sekrét. Ten kapybary využívajú ku značkovaniu. Podobné žľazy, ale podstatne menšie, majú aj samice.
Kapybary sú vynikajúci plavci a pod vodou vydržia až päť minút, pričom túto schopnosť využívajú ako únik pred predátormi. Ak je to treba, kapybara môže vo vode aj spať, z vody jej trčí len nos.
Obvykle žijú v skupinách vedených dominantným samcom, ktorý si svoje územie stále značkuje otieraním žľazy na hlave. Niektoré kapybary žijú aj samotárski – jednotlivé samce sa často bez úspechu snažia pripojiť k väčším skupinám.
Keď je samica pripravená na párenie, zaujatý samec ju často prenasleduje aj niekoľko hodín. Samica rodí v ústraní, ale ešte v ten istý deň sa vráti ku svojej skupine, pričom potomstvo necháva v úkryte. Osrstené mláďatá sa ku skupine pripájajú po troch až štyroch dňoch. Dokážu sa živiť trávou hneď v prvých týždňoch, ale držia sa spolu, až kým ich matka neodstaví.
Pásť sa chodia zväčša skoro ráno, neskoro popoludní a dokonca aj v noci. Behom doobedia väčšinou oddychujú v poraste a poobedie trávia ochladzovaním sa vo vode.
Mäso kapybary je vraj veľmi chutné. Kedysi bolo ich mäso dokonca považované za pôstne.
Ak nejaká kapybara zbadá hrozbu, začne varovne poštekávať, čím varuje ostatné kapybary, ktoré hľadajú útočisko a bezpečie útekom do vody, alebo nepohnuto stoja, kým sa nebezpečenstvo nepominie.
